Blokovi su sastavni dio korisničkog sučelja u Moodle-u a smješteni su s lijeve i desne strane središnjeg stupca. Obogaćuju nastavni sadržaj i čine tečaj zanimljivijim i dinamičnijim.
Tečajevi nakon otvaranja sadrže nekoliko unaprijed definiranih blokova kao što su, primjerice, Administracija, Kalendar i Poruke. Postavljanje dodatnih blokova izvodi se pomoću bloka koji nosi prepoznatljiv naziv Blokovi a pojavljuje se kao posljednji u nizu blokova desnog stupca, nakon što nastavnik omogući izmjene. Željeni blok odabire se iz padajućeg izbornika nakon čega postaje dostupan u tečaju.
Osim unaprijed definiranih blokova Moodle nudi i mogućnost kreiranja potpuno nove vrste bloka. Iz padajućeg izbornika dodatnih blokova odabire se Novi HTML blok čiji naslov i sadržaj nastavnik može urediti prema potrebi. Uređivanje HTML bloka omogućava opcija Konfiguracija (ruka s olovkom), vidljiva nakon što nastavnik omogući izmjene.
Svaki blok nastavnik prema potrebi može premještati na lijevu ili desnu stranu sučelja. Premještanje blokova je jednostavno - potrebno je omogućiti izmjene, postaviti kursor miša na naslov bloka i nakon što se pojavi znak s četiri strelice blok premjestiti na odabrano mjesto unutar tečaja. Na ovaj je način omogućen logički raspored blokova unutar tečaja.
Blokovi su odvojeni zaglavljima u boji, ovisno o odabranoj temi u Postavkama tečaja. Sadržaj bloka može biti dug popis (primjerice u bloku Nedavna aktivnost) stoga je vrlo korisna mogućnost njihovog sažimanja. Sažimanje bloka omogućava ikona sa znakom minus (-) u zaglavlju bloka, koja nakon odabira prelazi u znak plus (+). Ponovnim odabirom ikone otvara se sadržaj bloka.
U zaglavlju bloka nalazi se njegov naziv, a ako su omogućene izmjene, vidljive su i ikone za administraciju uloga, skrivanje bloka te njegovo brisanje. Brisanje bloka omogućava ikona pod nazivom Obriši nakon čega se blok ponovno nalazi na popisu za odabir blokova. Ikona pod nazivom Skrij omogućit će skrivanje bloka do trenutka kada ga želite učiniti vidljivim.